يعاني عدد كبير من اضطرابات الجهاز الهضمي دون معرفة منهم بأنها أعراض تتصل بالقولون الهضمي وتتطلب العلاج الملائم.
في الآتي نظرة عامة على أعراض اضطرابات الجهاز الهضمي:

تشمل بداية الآلام المصاحبة في الجزء العلوي من الجهاز الهضمي ما يلي:
• ألم في الصدر.
• ألم في البطن مزمن ومتكرر.
• عسر الهضم.
• الشعور بوجود كتلة في الحلق.
• رائحة الفم الكريهة.
• الفواق (الحازوقة).
• غثيان أو قيء.
• الاجترار.
بعض شكاوي الجهاز الهضمي العلوي تترجم بشكل وظيفي (بعبارة أخرى من دون إيجاد سبب واضح بعد إجراء التقييم).
تشمل الآلام المصاحبة في الجزء السفلي من الجهاز الهضمي ما يلي:
• الإمساك.
• الإسهال.
• الغازات والانتفاخات.
• ألم في البطن.
• ألم أو نزيف في المستقيم.
كما هو الحال مع أعراض الجهاز الهضمي العلوي، تكون الشكوى إما بسبب مرض عضوي أو اضطراب وظيفي (من دون وصفة طبية أو تشوهات كيميائية- حيوية، أو غيرها من الحالات غير الطبيعية المكتشفة حتى بعد إجراء تقييم كامل للحالة).
 والآليات التي تسبب الاضطرابات الوظيفية ليست واضحة.
ومن الواضح أنَّ المرضى الذين يعانون اضطرابات وضعفًا في وظيفة الحركة و/ أو الإحساس بالألم؛ أي أنهم يرون أحاسيس معيّنة غير مريحة (على سبيل المثال ،
 انتفاخ تجويف الأنبوب- وتسمى اللمعة كذلك والتمعج) والتي لا يشعر المرضى الآخرون أنها مؤلمة.
ولا توجد وظيفة جسدية أكثر تنوعًا، وتخضع لتأثيرات خارجية مثل التخلص من الفضلات أو التغوّط. والسلوكيات المعوية تختلف اختلافًا كبيرًا من شخص إلى آخر، وتتغير مع التقدّم في السن،
والعوامل الفيزيولوجية الفردية، والنظام الغذائي والتأثيرات الاجتماعية والثقافية.
ويزعم بعض المرضى مخاوف غير مبررة بشأن العبور المعوي.