الكثير من السكر يسبب الإسهال، حقيقة غير شائعة، أكدتها أبحاث مثل دراسة لجامعة هارفارد وجدت أن الاستهلاك المفرط للأطعمة عالية السكر يمكن أن يكون سبباً للإسهال.
وحسب دراسة جامعة هارفارد، فإن 75% من الذين يتناولون ما بين 40 و80 غراماً من الفركتوز يومياً سيصابون بالإسهال. ويعتبر شراب الذرة من المصادر عالية الفركتوز.

وترجح الدراسة أن أحد السكريات التي يمكن أن تسبب الإسهال يوجد بشكل طبيعي في الفواكه الناضجة مثل الخوخ، والكمثرى، والكرز، والتفاح، وعصائر الفاكهة.

وتقترح بعض التفسيرات أن البعض يعاني أكثر من غيره من الانتفاخ والإسهال بعد تناول أطعمة غنية بالسكر، بسبب التباين من شخص لآخر في امتصاص الطعام وحساسية الأمعاء.
كما قد يكون المصابون بمتلازمة القولون العصبي أكثر تعرضاً للإسهال بسبب سكر الفركتوز. ووفقاً لجامعة ميشيغان، يمكن التحقق من سوء امتصاص الفركتوز باختبار التنفس بالهيدروجين، وهو فحص يستخدم أيضاً للتأكد من الحساسية اللاكتوز.