تسهم البرامج التعليمية التي تقدمها حديقة الحيوانات بالعين في إكساب الطلبة العديد من المهارات التعليمية و المعرفية، حيث يقوم فريق البرامج المدرسية في الحديقة بربط مناهج الطلاب بالتجارب والمغامرات الممتعة من خلال دمج ما يدرسه ويتعلمه الطالب بالمدرسة لتحقيق النسبة الأكبر من استفادته من تلك الرحلات في قالب ممتع و مشوق.
وتحرص الحديقة على توفير تجارب تعليمية فريدة من نوعها بحيث تستهدف طلبة المدارس من مرحلة رياض الأطفال حتى الجامعة وتسهم في منحهم فرص التعلم و المعرفة، واكتساب المعلومات من خـلال مجموعة متنوعة من الأساليب التعليمية المبتكرة والممتعة، ويمثل التنوع البيولوجي وصون الطبيعة أبرز محاور هذه البرامج، كما توفر الحديقة تجارب ترفيهية وتعليمية تلهم زوارها حب الحياة البرية والتنوع البيولوجي.
جدير بالذكر أنه تم تصميم البرامج التعليمية باللغتين العربية والإنجليزية لتدعم وتضيف على المخرجات التعليمية للمناهج الدراسية بمواضيع متنوعة تســهم فــي إثراء المخزون العلمي لدى الطالب. وتتمثل البرامج في تعريف الفئات المستهدفة بماهية تكيف الحيوانات، والموطن الطبيعي، والحيوانات الأليفة والمفترسة، ودورة الحياة، والكائنات الحية وغير الحية، والحدائق القديمة والجديدة، والتنوع البيولوجي، وحدائق الحيوان وصون الطبيعة، وغيرها الكثير في حين تتوافق البرامج التعليمية في مركز الشيخ زايد لعلوم الصحراء مع مختلف المناهج التعليمية المطبقة في الدولة لمختلف الفئات العمرية.