يحذر الخبراء من أن الأطعمة الفاسدة قد تشكل مخاطر صحية كبيرة، إذ تنتج الكائنات الدقيقة الضارة في الطعام الفاسد سمومًا كيميائية قد تعطل العمليات الحيوية الأساسية، مسببةً مشكلات تتراوح بين اضطرابات المعدة البسيطة وصولاً إلى أمراض خطيرة مثل سرطان الكبد.
وفي الأطعمة النباتية مثل الحبوب والمكسرات، تعد  الفطريات السبب الرئيس للتلف. وتنتج أنواع مثل Aspergillus flavus و A. parasiticus سموم الأفلاتوكسين، التي يمكن أن تُحدث طفرات في الحمض النووي وترتبط بتلف الكبد وسرطان الكبد. كما تنتج فطريات Fusarium في الحبوب مثل القمح والشعير والذرة سموم التريكوثيسين والفومونيسين B1، التي تهيج الجهاز الهضمي وتؤثر في الكبد والكلى على المدى الطويل. وتشمل علامات التلف تغير اللون أو الانكماش أو الرائحة العفنة، وينصح الخبراء بالتخلص من الأطعمة المصابة.
والفواكه أيضًا معرضة للعفن، مثل Penicillium expansum التي تصيب  التفاح والكمثرى والكرز والخوخ، وتنتج سم الباتولين الذي يضر بالإنزيمات الرئيسية ويولد جزيئات ضارة قد تلحق الضرر بالحمض النووي والبروتينات والدهون. على الرغم من الرغبة في إزالة الأجزاء المتعفنة، فإن الفطريات غالبًا ما تخترق العمق، ما يجعل الفاكهة بأكملها غير آمنة، خصوصًا الفواكه الطرية.