ضمن مبادراتها ومشاريعها المستقبلية في مجال الغطاء النباتي، تسعى حديقة الحيوانات بالعين للارتقاء بالمناظر الطبيعية من خلال زيادة أعداد الأنواع المحلية والتي بلغ عددها ما يقارب 23 الف نبتة من خلال التعاون المشترك مع الجهات الأخرى في مجال صون الطبيعة مثل هيئة البيئة أبوظبي وبلدية مدينة العين وجامعة الإمارات وبعض المشاتل المتخصصة في هذا المجال، والعمل في مجالات البحث العلمي لإكثار النباتات المحلية والبحث عن أنواع محلية أخرى لإدخالها ضمن برامج الغذاء التكميلي للحيوانات . 
وفي هذا النطاق تقدم الحديقة جهودها الحثيثة عن طريق إدخال النباتات المحلية ضمن مشاريعها التطويرية والتحسينية نظراً لملاءمتها لمناخ الدولة الحار وإسهامها في التقليل من استهلاك مياه الري ، كما يتم جمع بذور هذه الأنواع وحفظها في بنك البذور للإسهام في الحفاظ عليها وتحقيق أهداف الاستدامة البيئية وصون الطبيعة  بالإضافة إلى استخدام أنواع من النباتات المحلية مثل السدر والغاف كغذاء تكميلي للحيوانات للمساهمة في تعزيز سلوكياتها في الطبيعة. كما يقوم مشتل المؤسسة بإكثار الأنواع المطلوبة من النباتات المحلية ليتم زراعتها في أرجاء الحديقة.