تتمتع حديقة الحيوانات بالعين بتنوع الغطاء الأخضر النباتي الذي يحتوي على ما يقارب  500نوعاً من النباتات المحلية وغير المحلية موزعة على مساحات الحديقة المختلفة، وتقوم الحديقة بتطبيق أفضل الممارسات في مجال الزراعة والري لاستدامة هذه الثروة النباتية مما ساهم في الوصول إلى الاكتفاء الذاتي. ومن أهم الجهود التي تبذلها الحديقة في هذا المجال هي زراعة النباتات المحلية وغير المحلية التي تستطيع أن تتعايش مع طبيعة ومناخ دولة الإمارات العربية المتحدة الذي يعرف بارتفاع درجات الحرارة وقلة سقوط الأمطار، بالإضافة لاستعمال المياه المعالجة وأنظمة الري الحديثة، والانتفاع من ناتج صيانة بعض الأشجار كغذاء تكميلي للحيوانات والاستفادة من البذور في إعادة زراعة وإكثار النباتات في مختلف إرجاء الحديقة. ويقوم فريق البستنة في حديقة الحيوانات بالعين بالعمل على عدد من المبادرات التوعوية التي من شأنها رفع وعي المجتمع حول أهمية الحفاظ على الثروات الطبيعية واستدامتها للمستقبل وذلك من خلال نشر معلومات توعوية عبر منصات التواصل الإجتماعي للحديقة، وتقديم فقرات توعوية للطلبة أثناء زيارتهم للحديقة، والمشاركات الخارجية في المعارض والمؤتمرات بالإضافة إلى مساهماتها في تزويد بذور النباتات المحلية كنخيل الغضف ونقل المعرفة وخبرات المختصين لديها  إلى الهيئات البيئية بهدف الحفاظ واكثار النباتات المهددة بالانقراض.

وتأتي جهود حديقة الحيوانات بالعين في استدامة الغطاء النباتي تماشياً مع عام الاستدامة الذي أطلقه صاحب السمو الشيخ محمد بن زايد آل نهيان، رئيس الدولة، حفظه الله، تحت شعار (اليوم للغد)، لتؤكد بذلك التزامها بتطبيق معايير الاستدامة كأحد القيم المؤسسية التي تعنى بها من خلال  أفضل الممارسات في التخطيط والتنفيذ للحفاظ على الموارد والمصادر الطبيعية فضلاً على حرصها في تعزيز مفاهيم الاستدامة لدى موظفيها وجمهورها من مختلف الأعمار والجنسيات لما له من إسهامات تنموية في توفير بيئة مستقبلية مستدامة.