يشارك النظام الصحي الأكاديمي بجامعة الخليج الطبية متمثلا في قسم الصيدلة الإكلينيكية بمستشفى جامعة الخليج الطبية الذي تم إنشاؤه مؤخرا بواسطة كلية الصيدلة بثروة معرفية بهدف رعاية المرضى في مستشفى جامعة الخليج الطبية. من خلال فريق من أساتذة الصيدلة الإكلينيكية وأعضاء هيئة التدريس من ذوي الخبرة بالكلية.

للصيادلة تاريخ طويل في اكتشاف وتصنيع الأدوية كأحد المهام الأساسية والمعروفة منذ زمن طويل. في السنوات الأخيرة تطورت مهنة الصيدلة لتشمل تخصصات الصيدلة الإكلينيكية كمجال جديد نسبيا لممارسة الصيادلة. يعمل الصيادلة مع الأطباء والممرضات لتوفير رعاية مباشرة للمرضى في الاستخدام الرشيد للعقاقير حيث يوصي الصيادلة من خلال الخبرة الإكلينيكية بمراجعة وتعديل الأدوية المناسبة للمرضى الداخليين بالإضافة إلى مرضى العيادات الخارجية.

يؤدي المهام بقسم الصيدلة الإكلينيكية الجديد بمستشفى ثومبي الجامعي خمسة من المدربين الإكلينيكيين من كلية الصيدلة ممن لديهم خبرة الممارسة الصيدلية سابقا في مستشفى ثومبي بعجمان إضافة الى أعضاء هيئة التدريس ممن يحملون تصريح وزارة الصحة الإمارتية لممارسة مهنة الصيدلة بالدولة. من الجدير بالذكر أنه سوف يتم انضمام ثلاث أعضاء هيئة تدريس جدد إلى كلية الصيدلة بجامعة الخليج الطبية ممن لديهم خبرات سابقة في الولايات المتحدة الأمريكية ، أستراليا والإمارات العربية المتحدة لتعضيد قسم الصيدلة الإكلينيكية بكلية الصيدلة.

ويقوم قسم الصيدلة الإكلينيكية الجديد بتقديم المشورة للمرضى حول الاستخدام المناسب للأدوية وتحقيق أفضل نتائج العلاج  بالإضافة الى منع حدوث مضاعفات أو أعراض جانبية للأدوية الموصوفة للمريض.والعمل كجزء لا يتجزأ من الفريق الاكلينيكي في المستشفى لضمان لمتابعة الجيدة للأدوية التي يتعاطاها المرضى وضمان رعاية آمنة وفعالة وبأسعار معقولة كما يوفر هذا النظام الصحي الأكاديمي فرصًا فريدة لطلاب الصيدلة في جامعة الخليج الطبية ليتم تدريبهم في المستشفى الذي يضم 350 سريرًا داخل الحرم الجامعي تحت إشراف المدربين الإكلينيكيين وأعضاء هيئة التدريس بكلية الصيدلة بجامعة الخليج الطبية.

بدأت كلية الصيدلة في جامعة الخليج الطبية برنامج دكتور الصيدلة (PharmD) في عام 2008 حيث يعمل الخريجون من البرنامج بنجاح في العديد من البلدان في الإمارات العربية المتحدة وأمريكا وأوروبا ومنطقة الشرق الأوسط وشمال إفريقيا وأماكن أخرى. يتم توظيف الخريجين المتفوقين من البرنامج من قبل الكلية بالإضافة الى مستشفيات وصيدليات ثومبي. يعد النظام الصحي الأكاديمي لجامعة الخليج الطبية مع مستشفيات وصيدليات ثومبي هو الأول من نوعه في دولة الإمارات العربية المتحدة.